Kies op maat

Inloggen Menu

Biochemische Research

*Let op:  

Coördinator voor BML is Eddy van der Linden
Coördinator voor CHM is Niek Heuts

De minor Biochemie is een verdiepende minor die zowel voor studenten Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek (BML) als studenten Chemie is bedoeld. Binnen deze minor worden studenten voorbereid op hun latere betrokkenheid bij het uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in een biochemisch research laboratorium. De focus ligt daarbij qua competenties op onderzoeken en experimenteren en qua inhoud op analytische biochemie en eiwitbiochemie. Samen met het werkveld werken we hierbij aan oplossingen voor ziektes zoals kanker en aan biochemische vraagstukken rondom een circulaire economie. Dankzij deze samenwerking werken we samen met vooraanstaande wetenschappers en beschikken we over de nieuwste apparatuur om dit onderzoek te kunnen uitvoeren. Naast deze onderzoeksprojecten leer je van alles over de achtergronden van deze technieken en de werking van het leven. 

Verantwoording
Wanneer je als onderzoeker de werking van het leven volledig wil begrijpen moet je biochemicus worden. Dan onderzoek je namelijk tot op het molecuul hoe levende organismen precies werken. De biochemie houdt zich namelijk bezig met het bestuderen van de chemische samenstelling van levende materie en met de chemische veranderingen die in levende materie plaatsvinden. Eiwitten en DNA nemen hierin een belangrijke rol in omdat ze tot de meest fundamentele moleculen voor levende wezens behoren. De minor Biochemie wordt zowel voor studenten van de opleiding BML als de opleiding Chemie aangeboden. Voor studenten van de opleiding Chemie zit de uitdaging vooral in het opdoen van meer kennis omtrent de biochemie van het leven en de praktische laboratoriumvaardigheden die hierbij komen kijken. Studenten BML zullen vooral hun chemie kennis versterken en vaardigheden opdoen met complexe apparatuur die wordt gebruikt om levensmoleculen te bestuderen zoals High Pressure Liquid Chromatography (HPLC), Fast Protein Liquid Chromatography (FPLC) en  Massa Spectrometrie (MS). Studenten van beide opleidingen zullen hierbij worden voorbereid op hun latere betrokkenheid bij het uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in een biochemisch research laboratorium. De focus ligt daarbij qua competenties op onderzoeken en experimenteren.

Doelen
Naast het zich eigen maken van de voor het beroep noodzakelijke kennis en vaardigheden, werken studenten in beroepsauthentieke projecten, die zijn opgezet in nauwe samenwerking met universitaire onderzoeksgroepen en bedrijven aan hun competenties. 

Inhoud en programma
Binnen dit minor programma werken studenten in kennis en praktijk gestuurde cursussen aan het verkrijgen van gedegen kennis en praktische vaardigheden op het gebied van biochemie. Daarnaast wordt binnen een project gestuurde cursus aan de eerder beschreven competenties gewerkt.

Programma vanuit BML: 

-        Biochemische Werkwijzen: Tijdens deze cursus worden de achtergronden, werkingsprincipes en toepassingen behandeld van belangrijke biochemische technieken zoals die ook grotendeels in het practicum  en tijdens het project zullen langsgekomen. Het gaat hierbij om technieken als High Pressure Liquid Chromatography (HPLC), Fast Protein Liquid Chromatography (FPLC), röntgen kristallografie en  Massa Spectrometrie (MS).

-        Biochemie Theorie 3: Met deze cursus wordt kennis van en inzicht verkregen in biochemische processen zoals ze in een cel plaatsvinden. Kennis en begrip van het besturingsmechanisme van een cel is immers cruciaal om op een goede manier biochemisch onderzoek op te zetten en resultaten op de juiste manier te interpretteren.

-        Biochemie Praktijk 3: In dit practicum doen studenten kennis en praktische vaardigheden op m.b.t. complexe apparatuur die wordt gebruikt ter analyse van complexe biologische samples op molecuulniveau. De focus ligt hierbij op High Pressure Liquid Chromatography (HPLC), Fast Protein Liquid Chromatography (FPLC) en  Massa Spectrometrie (MS). Studenten leren de ins en outs van deze apparatuur kennen door op deze apparatuur aan actuele vraagstukken uit de beroepspraktijk te werken.

-        Project Biochemie: Samen met docenten en experts uit het werkveld werken studenten aan een zelf te kiezen project. Deze onderzoeksprojecten gaan met namen over begrip, genezing of betere diagnostiek van ziektes zoals kanker en over biochemische vraagstukken rondom de circulaire economie. Op deze manier werken studenten aan de competenties Experimenteren, Onderzoeken, Beheren, Functioneren in een Organisatie en Zelfsturing.

Biochemische Werkwijzen - BMLBWW11, 4 ects, schriftelijke toets        
Biochemie Theorie 3 - BMLBCH31T, 4 ects, schriftelijke toets                                             
Biochemie Praktijk 3 - BMLBCH31P, 8 ects, schriftelijke toets (eventueel digitaal), praktische oefening met verplichte aanwezigheid                  
Project Biochemie - BMLPROJ61, 14 ects, assessment, praktische oefening met verplichte aanwezigheid
Totaal 30 ects

Werkvorm:
In de tabel hierboven zijn ook de toetsvormen van de verschillende cursussen aangegeven.
Kennisgestuurde cursussen vinden plaats in theorielokalen, waarbij zoveel mogelijk wordt gekozen voor activerende werkvormen waarin de student aan zet is en verantwoordelijk is voor zijn eigen leertraject. Korte pitches van de docent worden afgewisseld met opdrachten waar studenten zelfstandig of in groepsverband aan werken. Van studenten wordt verwacht dat ze voorbereid naar de les komen. De praktijk- en projectgestuurde cursussen worden uitgevoerd in het lab onder begeleiding van een instructeur. Buiten het lab vergaderen studenten wekelijks (in het geval van het project) met hun begeleidend docent, alias opdrachtgever, om de voortgang van het project te bespreken of vinden voorbereiding- en uitwerkingslessen plaats (in het geval van het prakticum). Ook is er tijdens projecten de projecten regelmatig contact met professionals uit het werkveld om de voortgang van het onderzoek te bespreken.

Programma vanuit Chemie

-        Biochemie 2: Tijdens deze cursus worden de werkingsprincipes en enkele experimentele methoden behandeld van signaaltransductie in de cel. Hierbij wordt ingegaan op de bouw van het plasmamembraan, membraandynamiek, membraaneiwitten (bv. transporters en receptoren), en enkele belangrijke signaaltransductieroutes.

-        Project bioinformatica:Met deze cursus wordt kennis van en inzicht verkregen in biochemische processen met betrekking tot de regulatie van de cellulaire steady state eiwitconcentratie en het belang van eiwitvouwing voor functie. Dit in het licht van diverse signaaltransductie routes en de regulatie ervan in een- en meercellige organismen.

-        Geavanceerde technieken in molecuulspectrometrie: NMR-spectroscopie en massaspectrometrie zijn belangrijk gereedschappen in de bio-, analytische- en organische chemie. In deze cursus is er aandacht voor de achtergronden van NMR-spectroscopie en dan vooral aandacht voor de vele pulstechnieken, waaronder tweedimensionale toepassingen. Tijdens de lessen wordt geoefend met het vinden van de structuur van onbekenden, waarvan spectra gegeven zijn. Nieuwe ontwikkelingen op het gebied van massaspectrometrie zijn nauwelijks bij te houden, daarom worden de MS-lessen aangeboden als gastcolleges door experts uit het werkveld. Iedere gastspreker geeft een overzicht van de nieuwste ontwikkelingen in zijn/haar vakgebied. Aan het eind van de lessenreeks heeft de student een beeld van de mogelijkheden en beperkingen van verschillende massaspectrometrietechnieken en hun applicaties.

-        Project Biochemische Research: Tijdens deze cursus wordt door de student in een kleine groep aan een veelal multidisciplinair project gewerkt op een actuele vraagstuk uit de beroepspraktijk, die aansluit op de inhoud van de minor. Cursisten bekwamen zich verder in de competenties Experimenteren, Onderzoeken, Beheren, Functioneren in een Organisatie en Zelfsturing. Daarnaast is er een theoretische component waarin in enkele lessen technieken zoals Röntgenkristallografie en aanvullende DNA-, RNA- en eiwitanalysetechnieken behandeld worden.

-        Project Kwaliteitszorg: De meeste commerciële en onderzoekslaboratoria werken met een kwaliteitssysteem. In een kwaliteitssysteem worden procedures vastgelegd, die door de medewerkers gevolgd moeten worden. Het succes van een kwaliteitssysteem wordt bepaald door de manier waarop het is opgezet, geïmplementeerd is in het bedrijf, en geëvalueerd wordt door interne en externe audits, en vervolgens de mate waarin verbetertrajecten worden doorgevoerd. In deze cursus leert de student o.a. normen te analyseren en interpreteren, volgens richtlijnen een auditgesprek uit te schrijven, een calamiteit/probleem uit de praktijk te vertalen naar verbeteringen op basis van een grondige analyse en een auditrapport te schrijven.

-        Praktijkgericht Literatuuronderzoek: Studenten in de minor schrijven een praktijkgericht literatuuronderzoek naar aanleiding van een chemisch vraagstuk van een externe opdrachtgever. De student dient zelf op zoek te gaan naar deze opdrachtgever. Een externe opdrachtgever kan bijvoorbeeld het stageverlenend bedrijf zijn van de afstudeerstage. PLO11 heeft een doorlooptijd van 6 weken, d.w.z. dat de definitieve versie van de literatuurscriptie uiterlijk 6 weken na de start van het ontvangen van de opdracht is ingeleverd.

Biochemie 2  - CMBCH21, 2 ects, schriftelijke toets                             
Project Bioinformatica - CHMPBIF1, 4 ects, opdracht, verslag, assessment, praktische oefening met verplichte aanwezigheid                          
Geavanceerde technieken in molecuulspectrometrie - CHMMOS14, 2 ects, schriftelijke toets          
Project Biochemische Research - CHMMPBR1, 14 etcs, opdracht, verslag, assessment, praktische oefening met verplichte aanwezigheid                   
Project Kwaliteitszorg - CHMPKWA1, 3 ects, pdracht, verslag, praktische oefening met verplichte aanwezigheid                                                                                                     
Praktijkgericht literatuuronderzoek - CHMPLO11, 5 ects, verslag
Totaal 30 ects

Werkvorm:
Kennisgestuurde cursussen vinden plaats in theorielokalen, waarbij zoveel mogelijk wordt gekozen voor activerende werkvormen waarin de student geacht wordt goed voorbereid naar de les te komen. Colleges van de docent worden afgewisseld met opdrachten waar studenten zelfstandig of in groepsverband aan werken. De projectgestuurde cursussen worden uitgevoerd in het lab (CHMMPBR1), in een computerlokaal (CHMPBIF1) of in een leslokaal (CHMPKWA1). Afhankelijk van de cursus vergaderen studenten regelmatig (in het geval van het researchproject) met hun begeleidend docent en eventuele externe opdrachtgever, om de voortgang van het project te bespreken of vinden voorbereiding- en uitwerkingslessen plaats (in het geval van de andere projecten).

Leerdoelen

-

Aanvullende informatie

Deze minor is een gewijzigde versie van de huidige minor Biochemie, die verspreid over jaar 3 en 4 werd aangeboden. Vanaf 2018-2019 wordt deze minor in semester 6 aangeboden. Dit is vergelijkbaar met andere BML-opleidingen, waardoor de mogelijkheid ontstaat om ook studenten van andere BML-opleidingen deel te laten nemen.

Ingangseisen

Vanuit BML:
De propedeuse moet behaald zijn en daarnaast moeten minimaal 55 van de in totaal 90 te behalen ECTS uit jaar 2 en 3 zijn behaald om aan deze minor deel te mogen nemen. Het betreft een verdiepende minor voor de opleiding BML en Chemie en eventueel andere opleidingen waarbij studenten over basis laboratoriumvaardigheden en basiskennis Chemie beschikt. Zonder deze vaardigheden en voorkennis kan de minor niet worden gevolgd. Voor personen van andere opleidingen uit deze (of uit andere) domeinen kan door de coördinator, in overleg met de examencommissie van het opleidingsinstituut, worden vastgesteld of zij toelaatbaar zijn.

Vanuit Chemie:
Het betreft een verdiepende minor voor de opleiding Chemie, die aansluit op eerder opgedane kennis binnen de opleiding in jaar 1, 2 en het tweede semester van jaar 3. De propedeuse moet behaald zijn en daarnaast moeten alle voorgaande praktijkvakken, projecten en de stage behaald zijn en mag er maximaal 8 studiepunten achterstand zijn in de kennisgestuurde leerlijn. Zonder deze voorkennis kan de minor niet worden gevolgd. Voor personen van andere opleidingen uit deze (of uit andere) domeinen kan door de coördinator, in overleg met de examencommissie van het opleidingsinstituut, worden vastgesteld of zij toelaatbaar zijn.

Toetsing

Toetsvorm:
In de cursuswijzer van iedere cursus staat een toetsmatrijs waarin de leerdoelen en de toetsing ervan helder wordt beschreven. Herkansingen worden geprogrammeerd op een tijdstip waarop geen concurrentie ontstaat met het reguliere onderwijs.

Het project kan gezien worden als een integrale toets omdat de kennis en vaardigheden van de andere cursussen nodig zijn om het project met succes te kunnen uitvoeren. Daarnaast worden bij het project alle competenties op het vereiste niveau getoetst. De docent brengt hierbij gedurende het verloop van het project al zoveel mogelijk de getoonde competenties van de student in kaart zodat het assessment waarmee een project op basis van het verzamelde portfolio wordt getoetst eigenlijk vooral dient om te beoordelen of het vereiste competentieniveau door de student is behaald.

Vanaf studiejaar 2019-2020 is het programma aangepast, waarbij gewerkt wordt met per kwartaal maximaal twee te toetsen (grotere) onderwijseenheden (theorie en praktijk) tegelijk, waardoor het aantal toetsen wordt beperkt. Dit draagt bij aan een minimale concurrentie tussen studie-onderdelen, waardoor de student beter in staat is te relatie te leggen tussen theorie en praktijk.

In de tabel hierboven zijn de toetsvormen van de verschillende cursussen aangegeven. In de cursuswijzer van iedere cursus staat een toetsmatrijs waarin de leerdoelen en de toetsing ervan helder wordt beschreven. Herkansingen worden geprogrammeerd op een tijdstip waarop geen concurrentie ontstaat met het reguliere onderwijs.

In het project zijn de kennis en vaardigheden van andere cursussen en praktijkvakken in de opleiding nodig om het project met succes te kunnen uitvoeren. Daarnaast worden bij het project alle competenties op het vereiste niveau getoetst. De docent brengt hierbij gedurende het verloop van het project al zoveel mogelijk de getoonde competenties van de student in kaart. Tijdens het assessment kan de student aan de hand van het werkplan, het labjournaal en behaalde resultaten aantonen dat hij/zij het vereiste competentieniveau heeft behaald. Tenslotte verwerkt de student de resultaten in een verslag dat beoordeeld wordt en ook aan de opdrachtgever teruggekoppeld wordt. 

Literatuur

Vanuit BML

BMLBWW11

- Cursuswijzer
- Biology, Campbell, N.A. et al., 11th edition, Pearson Education Limited, 2018.
- Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D.L. en Cox M.M, 6th edition, Worth publishers, New
York, 2013.
- Quantitative Chemical Analysis, Harris D.C., 9th edition, W.H. Freeman and Company, 2016.
- Practical Skills in Biomolecular Sciences, Reed R. et al., 5th edition, Pearson, 2016.
- Chemistry, McMurry J.E., Fay R.C., 7th edition, Pearson, 2015.

BMLBCH31T
- Cursuswijzer
- Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D.L. en Cox M.M, 6th edition, Worth publishers, New York, 2013.

BMLBCH31P
- Cursuswijzer
- Quantitative Chemical Analysis, Harris D.C., 9th edition, W.H. Freeman and Company, 2016.
- Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D.L. en Cox M.M, 6th edition, Worth publishers, New York, 2013.
- Practical Skills in Biomolecular Sciences, Reed et al., 5th edition, Pearson 2016.
- Chemistry, McMurry J.E., Fay R.C., 7th edition, Pearson, 2015.
- Door de docent beschikbaar gestelde bijlagen. 

BMLPROJ61
- Cursuswijzer
- Formats voor Plan van Aanpak, wekelijkse werkschema's, projectverslag en procesverslag.
- Projectbeschrijvingen en eventueel extra aangeleverde achtergrondinformatie.
- Practical Skills in Biomolecular Sciences, Reed et al., 5th edition, Pearson 2016.
- Aangereikte en zelf opgezochte literatuur (hoofdstukken uit boeken, wetenschappelijke artikelen). De benodigde literatuur is sterk afhankelijk van het gekozen project, voortgang daarvan en eigen initiatieven.

Vanuit Chemie
CHMBCH21
- Cursuswijzer
- Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D.L. en Cox M.M, 7th edition, Macmillan Higher Education, England, 2017.

CHMPBIF1
- Cursuswijzer en opdrachtenhandleiding
- Literatuur op internet bij diverse gebruikte websites en software zoals NCBI, PyMol, Expasy, etc.

CHMMOS14
- Cursuswijzer
- Harwood, L.M., Claridge, T.D.W., Introduction to Organic Spectroscopy (Oxford Chemistry Primers 43), Oxford University Press, 1999 (ISBN 0 19 855755 8).
- Aanvullend studiemateriaal in de vorm van spectra, opdrachten, PowerPoint-presentaties en wetenschappelijke publicaties zal tijdens de lessen worden verstrekt.

CHMMPBR1
- Cursuswijzer
- Opdrachtomschrijving
- Wetenschappelijke literatuur (van opdrachtgever of zelf zoeken in de databases online). Dit is sterk afhankelijk van het gekozen project.

CHMPKWA1
- Cursuswijzer
- Kwaliteitsmanagement, Bernadette van Pampus, 2015, 3e druk Boom uitgevers Amsterdam (mediatheek)
- Open Universiteit, gratis te downloaden:
https://www.ou.nl/Docs/Opener/MW/Kwaliteitszorg/leereenheid_1.pdf
https://www.ou.nl/Docs/Opener/MW/Kwaliteitszorg/leereenheid_2.pdf
- Websites zoals: iso.org en nen.nl 

CHMPLO11
- Wetenschappelijke literatuur (van opdrachtgever of zelf zoeken in de databases online). Dit is sterk afhankelijk van het gekozen onderwerp.

Rooster

-