Genomics
In de minor ga je een genomics experiment van start tot finish meemaken. In een korte labintroductie isoleer je genomisch DNA, doe je de sample voorbereiding en next generation sequencing (NGS) met het nanopore platform. Je leert basisvaardigheden om command line met linux om te gaan, op een server te werken en voor het starten van linux-based applicaties. Vervolgens leer je de theorie en toepassingen van de gebruikelijke sequencemethoden en analyseer je de gesequencete data. Hiernaast leer je de achtergronden en methoden van sequentie-analyse, zoals alignment, mapping en fylogenetische analyse.
Leerdoelen
De student kan:
-
monsters voor NGS voorbereiden en sequencen in het lab
-
de werking van gebruikelijke sequentie analyses uitleggen en toepassen
-
command line linux gebruiken en applicaties bedienen
-
de huidige standaard NGS methoden en hun applicaties beschrijven
-
NGS data analyseren
Ingangseisen
Toelatingseisen (op het moment van inschrijven):
i) het propedeutisch examen is behaald of vrijgesteld en
ii) tenminste 40 EC zijn behaald in de postpropedeutische fase.
Studenten dienen een gewaarmerkte cijferlijst met hun leerovereenkomst mee te sturen waaruit blijkt dat ze aan de toelatingseisen voldoen.
Literatuur
Gewenst, niet verplicht:
J Pevsner (2015). Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd edition.
Rooster
10-20 per week
Toetsing
-
Bmin (3EC): Opdracht
-
Blin (2EC): computerpraktijktoets
-
Bts (4EC): Schriftelijke toets en Opdracht
-
Bngsa (6EC): Schriftelijke toets en Opdracht
Aanvullende informatie
Taal: Engels of Nederlands
De voertaal is Engels bij deelname van internationale studenten. Of er sprake is van internationale deelname is ongeveer 1 lesperiode vóór aanvang van de minor bekend.
Herkansingsmogelijkheden:
Per toets worden in principe 2 gelegenheden aangeboden volgens de regels in de OER van de opleiding Bio-informatica; onvoldoende inzet bij laboratoriumpraktijken is niet te herkansen.
Planning 2e gelegenheden:
- Centraal afgenomen toetsen worden uiterlijk in periodeweek 10 van lesperiode 4 georganiseerd. - Opdrachten zonder vaste plaats of tijd kunnen een uiterste inleverdatum in lesperiode 5 hebben.