Het verzamelen van grote hoeveelheden biologische gegevens wordt steeds eenvoudiger. De analyse van deze datasets wordt daardoor steeds belangrijker in het werkveld (DAS, 2021). Met name op het gebied van DNA, RNA, eiwit en metabolieten worden veel data gegenereerd. Tijdens deze minor leer je hoe je deze gegevens kan analyseren om tot praktische toepassingen te komen.

Afhankelijk van je interesse kies je één of twee projecten op het gebied van biotechnologie, ecologie, evolutie, waterbeheer, procestechniek of plantenveredeling waar je tijdens de minor aan werkt. Nadat je deze minor hebt gevolgd, weet je hoe DNA sequencing werkt en kan je grote biologische datasets analyseren, visualiseren en rapporteren.

Referentie
DAS projectgroep ‘Datavaardige professional’ (2021). Gewenste kennis en vaardigheden bij analisten op het gebied van data-analyse en dataopslag.

Inhoud van de minor

De kern van de minor is een groot project waarvoor je kan kiezen uit verschillende onderwerpen. Daarnaast volg je hoorcolleges, werkcolleges en practica waarin je de technieken leert die je nodig hebt tijdens het project.

Waterschap Friesland
• We werken samen met het Waterschap Friesland aan environmental DNA (eDNA). Met de nieuwste sequencing techniek, nanopore sequencing, bepalen we op basis van DNA-sporen in water welke organismen er aanwezig zijn.

Plantenveredeling
• In samenwerking met een plantenveredelaar doen we onderzoek naar het microbioom (de complete set aan micro-organismen) van aardappels. We analyseren de microbiomen van planten uit een veldexperiment. We onderzoeken de effecten van verschillende genotypes en stikstofbehandelingen op de samenstelling van micro-organismen.

Evolutie
• Nonribosomale peptide synthetasen zijn enzymen die onder andere gebruikt worden om cytostatica en antibiotica (zoals penicilline) te produceren. In micro-organismen komen deze enzymen veel voor maar we weten pas sinds kort dat ze ook in dieren wijdverspreid zijn. In dit onderzoek probeer je te achterhalen of deze enzymen in dieren van nature voorkomen of dat ze uit de genomen van micro-organismen zijn overgesprongen.

Darmflora van mensen
• In een dataset met personen die wel of geen antibioticum hebben gebruikt, kijken we of de darmflora wordt verstoord door het gebruik van antibiotica.

Opzet van de minor

De minor bestaat uit de volgende onderdelen:

• Project (15 EC)
Je kan kiezen uit projecten op verschillende vakgebieden zoals waterbeheer, plantenveredeling, ecologie, evolutie en procestechniek. Je mag zelf kiezen aan welk project je tijdens de minor werkt. Bij meerdere projecten werken we samen met bedrijven of overheidsinstanties. Tijdens de minor bieden we ook verschillende excursies aan zodat je het werkveld beter leert kennen.

• Data-analyse in R (5 EC)
Je leert werken met het programma R, één van de meest gebruikte programma’s voor de analyse van biologische gegevens (DAS, 2021). Kennis van R wordt veel gevraagd door werkgevers. We gebruiken R om je data te analyseren en professionele figuren te maken.

• Data stewardship (5 EC)
De opslag en het beheer van grote datasets kan best lastig zijn. Voor bedrijven is het soms ingewikkeld om hier goed mee om te gaan. Daarom leren we je hoe je ervoor zorgt dat je gegevens duidelijk en herbruikbaar zijn voor je collega’s.

• Biologische data-analyse (5 EC)
In dit onderdeel leer je de meest gebruikte analysetechnieken voor biologische datasets.

 

De minor DNA sequencing en biologische data-analyse is interessant voor studenten met een biologische achtergrond. Opleidingen die goed aansluiten op de minor zijn onder andere Biotechnologie, Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Bio-informatica, Kust- en Zeemanagement, Applied Science, Diermanagement, Forensisch Laboratoriumonderzoek, Milieukunde, Toegepaste Biologie en andere opleidingen met een biologische component.

De toetsing bestaat uit een project afgerond met een posterpresentatie (15 EC), een tentamen Data-analyse in R (5 EC), een tentamen Data stewardship (5 EC) en een tentamen Biologische data-analyse (5 EC).