Het verzamelen van grote hoeveelheden biomedische gegevens wordt steeds eenvoudiger. De analyse van deze datasets wordt daardoor steeds belangrijker in het werkveld (DAS, 2021). Met name op het gebied van DNA, RNA, eiwitten en metabolieten worden veel data gegenereerd. Tijdens deze minor leer je hoe je deze gegevens kan analyseren om tot praktische toepassingen te komen.

Afhankelijk van je interesse kies je één of twee projecten op het gebied van biomedisch onderzoek waar je tijdens de minor aan werkt. Nadat je deze minor hebt gevolgd, weet je hoe DNA sequencing werkt en kan je grote biomedische datasets analyseren, visualiseren en rapporteren.

Referentie
DAS projectgroep ‘Datavaardige professional’ (2021). Gewenste kennis en vaardigheden bij analisten op het gebied van data-analyse en dataopslag.

Inhoud van de minor

De kern van de minor is een groot project waarvoor je kan kiezen uit verschillende onderwerpen. Daarnaast volg je hoorcolleges, werkcolleges en practica waarin je de technieken leert die je nodig hebt tijdens het project.

Je kan kiezen uit de volgende projecten:

Moleculaire karakterisering van het zenuwstelsel bij gezondheid en ziekte
• Samen met een onderzoeksgroep van een universitair medisch centrum karakteriseer je de expressie en verdeling van alle eiwitten in de verschillende organen en weefsels van mensen (en eventueel andere dieren).

Darmflora
• Door het 16S rRNA gen te sequencen is het mogelijk de bacteriesamenstelling van de darmen te bepalen. Meestal wordt de darmflora van een groep gezonde vrijwilligers vergeleken met personen met een bepaalde aandoening. Je kan voor dit project kiezen uit verschillende onderwerpen: de ziekte van Parkinson, de ziekte van Crohn of het effect van het gebruik van antibiotica.

Reuma
• Door de expressie van alle 20.000 genen van personen met reumatoïde artritis te vergelijken met de expressie in gezonde personen zoeken we naar genen die mogelijk betrokken zijn bij deze aandoening.

Resistentie tegen geneesmiddelen in HER2+ borstkanker
• HER2+ is een type borstkanker waarin de HER2-receptor tot overexpressie komt. In een deel van de patiënten is dit type tumor resistent tegen behandeling met antilichamen zoals lapatinib. We werken met data van twee cellijnen en onderzoeken welke eiwitten er hoger of lager tot expressie komen in resistente cellen om het mechanisme achter de resistentie te bepalen.

Opzet van de minor

De minor bestaat uit de volgende onderdelen:

• Project (15 EC)
Je mag zelf kiezen aan welk project je tijdens de minor werkt. Voor het project moleculaire karakterisering van het zenuwstelsel werken we samen met een externe onderzoeksgroep. Tijdens de minor bieden we ook verschillende excursies aan zodat je het werkveld beter leert kennen.

• Data-analyse in R (5 EC)
Je leert te werken met het programma R, één van de meest gebruikte programma’s voor de analyse van biologische gegevens (DAS, 2021). Kennis van R wordt veel gevraagd door werkgevers. We gebruiken R om je data te analyseren en professionele figuren te maken.

• Data stewardship (5 EC)
De opslag en het beheer van grote datasets kan best lastig zijn. Voor bedrijven is het soms ingewikkeld om hier goed mee om te gaan. Daarom leren we je hoe je ervoor zorgt dat je gegevens duidelijk en herbruikbaar zijn voor je collega’s.

• Biologische data-analyse (5 EC)
In dit onderdeel leer je de meest gebruikte analysetechnieken voor biologische datasets.

De minor DNA sequencing en data-analyse voor biomedisch onderzoek is interessant voor studenten met een biologische achtergrond die interesse hebben in het medische vakgebied. Opleidingen die goed aansluiten op de minor zijn onder andere Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Biotechnologie, Bio-informatica, Forensisch Laboratoriumonderzoek, Applied Science, Diermanagement en Toegepaste Biologie.

De toetsing bestaat uit een project afgerond met een posterpresentatie (15 EC), een tentamen Data-analyse in R (5 EC), een tentamen Data stewardship (5 EC) en een tentamen Biologische data-analyse (5 EC).