Kies op maat

Login Menu

Bioinformatica

“BioInformatica is niet meer weg te denken uit de hedendaagse Biologie. Het werkveld van de biologie en biotechnologie vraagt expliciet om studenten/werknemers met BioInformatica-ervaring voor stages en banen.”

DNA sequentie-analyse wordt massaal ingezet en miljarden baseparen worden bepaald (‘Big Data’) om bv. ziekten te verklaren en te verhelpen, of organismen te vinden die specifieke eigenschappen hebben die ons biotechnologisch (en niet meer chemisch) verder kunnen helpen om het leven op een duurzame manier in te richten. Overigens gaat het niet alleen om DNA sequenties, maar over biologisch gegevens (resultaten) in het algemeen.

Doelgroep Studenten Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek of Biotechnologie.

 

 

Leerdoelen

Opbouw en programmering In deze minor bieden we cursussen en trainingen voor 10 studiepunten en een project van 18 studiepunten. In het project werken we met datasets uit de Biomedische / Biotechnologische Research, afkomstig van diverse researchgroepen of bedrijven. De minor wordt indien nodig volledig in het Engels verzorgd.

Mogelijke projectopdrachten

  1. Defining Potential Protein Interaction Sites in Proteins - Protein Modelling and Mutation Analysis using EXaC: Topics in Epigenetics

Erasmus-MC, Rotterdam, and Utrecht MC, Utrecht (Kees Rodenburg)

  1. Combining BioMedical Database Information to Define

New Biomarker in Disease. NGS Data Pipeline Development; Erasmus MC, Rotterdam (Bart van Rotterdam)

  1. In Search of New Fungal Properties - Sequence Analysis of Fungi ABC-Transporter Genes

CBS-KNAW, Utrecht - Avans (Eefje Schrauwen / Lute-Harm Zwiers)

  1. In Search of New Antibiotic Resistence Markers - Gene Function & -Evolution; Data Mining

       CoE-BB – Amphia Hospital– Avans (Ted Mes)

  1. Identification of New Therapeutic Biomarkers for Cancer Treatment using Gene Expression Data

       National Translations Research Center (NTRC) Oss (Miaomiao Zhou)

  1. Metabolomics: Database-analysis of Metabolites Useful

for Biobased Technology of Biopolymer Chemistry. CoE-BB, ATGM- Avans (Kees, Luiz Canalle, Miaomiao).

Cursussen en trainingen (in het Engels)

In de minor wordt aandacht besteed aan:

  1. Computational Biology (2 sp),
  2. Programmeren in Python (2 sp),
  3. SQL: het opzetten en gebruik van databases (1 sp),
  4. 3D eiwit analyse & modelleren (2 sp),
  5. CLC-BIO voor transcriptomics (analyse van RNA expressie data) (2 sp), en
  6. NGS: ‘wat is het en hoe wordt het ingezet’ (1 sp).

Aanvullende informatie

De Avans-opleiding gekoppeld aan de deze minormodule is: Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek Breda (BML-B) (Deze informatie heb je nodig voor de inschrijving in Studielink.)

Ingangseisen

  • Propedeuse gehaald (uitzonderingen zijn ter bespreking door minorcoördinator). 
  • Twee jaar onderwijs in Life Science vakgebied (biomedisch, biochemisch, biotechnologisch)
  • Toestemming van je eigen opleiding om met deze minor te beginnen

Toetsing

Trainingen worden aan de hand van opdrachten afgerond met een V(ld).

Het project wordt dmv een eindverslag (in het Engels), competentieformulieren en een mondeling individueel assessment afgerond met een cijfer.

Literatuur

Rooster

Trainingen en projectbegeleiding worden wekelijks ingeroosterd. Verder werk je zelfstandig, voor sommige software moet je inschrijven op een computer.